Žaidėjai kontroliuoja dvi atskiras siužetus. Vienas iš jų – “Bowser” ir jo pastangos sustabdyti arkos piktadarius perimti jo pilį. Tuo tarpu “Bowser” viduje, mikrobų dydžio “Mario” ir “Luigi” turi išspręsti problemas ir išlaikyti nervus, jei nori rasti išeitį. Jie imasi veiksmų kontroliuoti “Bowser” iš vidaus – bet be jo žinios.
Žaidėjai gali pasirinkti tarp siužetų. Kas atsitinka Bowser’o viduje, jis veikia tai, ką jis daro lauke. Kartais Mario ir Luigi turi išspręsti galvosūkius ir iššūkius už scenos, kad padėtų Bowseri įveikti įvairias kliūtis ir iš anksto sklypą.
Žaidėjai privalo laiku nuspausti mygtukus, kad pagerintų jų veiklą per kovą ir iššūkius. Kai kuriuose mūšiuose “Bowser” auga toks didelis, kad žaidėjai privalo įjungti “Nintendo DS” arba “Nintendo DSi” sistemą į šoną, į mikrofoną įpūsti arba paliesti jutikliniu ekranu su plunksna, kad būtų galima tęsti veiksmus.
Žaidime yra tas pats linksmas dialogas, kuris buvo “Mario & Luigi” serijos bruožas.